Asociacija Moterų futbolo akademija (MFA) „Žalgiris“ įkurta 2013 metais. Nuo pat veiklos pradžios pagrindinis asociacijos tikslas – vystyti ir populiarinti moterų futbolą, dalyvauti aukščiausio lygio nacionaliniuose čempionatuose ir tarptautiniuose turnyruose, ugdyti jaunąją kartą.
2013 metais MFA „Žalgiris“ buvo įkurta pačių futbolą žaidžiančių merginų iniciatyva: nenorėdamos atsisveikinti su mylima ir mėgiama sporto šaka futbolininkės ieškojo galimybių toliau žaisti. Taip Vilniuje susikūrė komanda, kurią treniruoti ėmėsi patyręs specialistas Vytautas Jančiauskas. Jau savo debiutiniame sezone MFA „Žalgiris“ iškovojo bronzos medalius Lietuvos moterų futbolo čempionate. Taip pat trečiąją vietą Lietuvos futbolo A lygos čempionate žalgirietės iškovojo dar tris sykius – 2015, 2016 ir 2017 metais.
Šiandien MFA „Žalgiris“ yra vienintelė moterų futbolo organizacija Lietuvoje, kuri turi komandas, žaidžiančias šalies moterų futbolo ir salės futbolo aukščiausiuose divizionuose, bei pilnai veikiančią visų amžiaus grupių struktūrą.
Jaunimo komanda „Žalgiris B“ žaidžia šalies futbolo čempionato pirmajame divizione, kuriame prizininkų trejete yra kasmet nuo 2014-ųjų. „Žalgiris B“ pirmosios lygos nugalėtoju tapo 2017 ir 2019 metais, 2014 ir 2018 m. iškovoti sidabro, o 2015 ir 2016 m. – bronzos medaliai.
Įvairių amžiaus grupių (WU10, WU12, WU14, WU15, WU16, WU17, WU18) komandos sėkmingai rungtyniauja savo amžiaus grupių nacionaliniuose čempionatuose. Žalgirietės 2019 m. merginų Elitinėje lygoje liko antrojoje vietoje, WU17 komanda laimėjo Lietuvos čempionatus 2015, 2018 ir 2019 m. WU16 komanda 2018 m. iškovojo Lietuvos čempionato sidabro medalius, WU15 grupės futbolininkės šalies čempionėmis tapo 2019 m., 2017 m. liko antrojoje, o 2016 m. – trečiojoje vietoje.
Vienos jauniausių žaidėjų – WU13 komanda – Lietuvos čempionatą laimėjo 2019 metais.
Lietuvos salės futbolo čempionate MFA „Žalgiris“ žaidėjos 2018 ir 2020 metais tapo nugalėtojomis, Lietuvos vicečempionių titulai vilnietėms atiteko 2017 ir 2019 m. Šalies uždarų patalpų čempionatuose įvairių amžiaus grupių akademijos auklėtinės irgi ne kartą pelnė medalius.
Naujas MFA „Žalgiris“ istorijos etapas prasidėjo 2020 metų pradžioje, kai buvo pasirašyta ilgalaikė bendradarbiavimo sutartis su Mykolo Romerio Universitetu, o pagrindinė komanda nuo šiol vadinama MFA „Žalgiris-MRU“.
Naujas partneris leido komandai grįžti į šalies moterų futbolo A lygą ir siekti naujų pergalių bei iššūkių.